ביפעת יש כיום שתי אגודות שיתופיות.

האחת, ותיקה - קיבוץ יפעת

השנייה, צעירה - אגודת מתיישבי יפעת, הכוללת את חברי הקיבוץ ומתיישבי ההרחבה הקהילתית.

לכל אחד מהגופים הללו יש תקנון, הנהלה, צוותי עבודה וכו'.